A primeros de junio cae gravemente enfermo por una crisis cardiaca aguda: infarto de miocardio. Poco antes, sin embargo, había pasado un profundo reconocimiento médico. 

          «Empezó –según su sobrino Rafael [1]– por el corazón, pero todos sus órganos vitales del cuerpo sufrieron un enorme deterioro, hígado, riñones, etc. no cumpliendo adecuadamente sus funciones». Comienza así a hacerse realidad viva su lema y sublema sacerdotal (el lema de su sacerdocio fue «Sitio» y el sublema «Completo las cosas que faltan a la pasión de Cristo en mi carne a favor de su Cuerpo que es la Iglesia»; leyendas que hizo grabar en el cáliz de su primera Misa. 

          Once días después, el 13 de junio, ingresa en la Unión de Enfermos Misioneros [2].

          Muchos años antes ya anotaba en su Diario: 

          «El Señor, en su infinita misericordia, me envía una enfermedad [que no especifica]; enfermedad que, a mis años [tenía 31], puede ser grave [16 de diciembre de 1933]». «Has querido envíame una enfermedad, ¡bendito seas!; mas estos vahídos que me dan con tanta frecuencia me han impedido ir a Misa y a comulgar [...]. Uno de éstos puede ser el último [19 de enero de 1934]». Y cuatro días después: «Una enfermedad es aviso providencial de la muerte y tras de la muerte está el juicio, de forma que una enfermedad ligera como la mía debía de haber sido causa de que cumpliera aún mejor mis deberes para con Dios, ya que tal vez tenía que comparecer pronto ante Él [...]. Salud o enfermedad es lo mismo [...]».

          «Me has sostenido durante estos días de enfermedad [17 de febrero de 1942] y me has devuelto la salud y me has infundido una confianza inquebrantable en tu caridad infinita.

          »Tú me diste gracia para ofrecerte todas las molestias y padecimientos de la enfermedad. A los pies de mi lecho estaba tu sagrada imagen de Crucificado, que dulcificaba y transformaba en secretísimo gozo todas mis dolencias. Cuando el frío de la fiebre estremecía mis huesos, me hacías pensar en ese intensísimo frío de la terrible fiebre de tu Cuerpo hecho llaga que te estremeció en la cruz y que al obligar a tu Cuerpo a restregarse con las asperezas de la cruz hacía tus llagas más y más profundas y dolorosas.

          »Y cuando el lecho y la almohada me parecían de piedra en las que más y más se maceraba mi quebrantado y dolorido cuerpo me hacías pensar que eso y todo lo que han padecido, padecen y padecerán los hombres lo quisiste tú pasar por mi amor, por apartarme de mis miserias y pecados y apegarme a tu Corazón y darme tu caridad infinita.

          »Y cuando la fiebre resecaba mi boca y agrietaba mis labios, comprendí un poco mejor aquella sed tuya con la que hace años estas urgiendo a mi alma.

          »Y pensaba también que podía morir y presentarme ante ti, y repasaba mi vida y mis obras y me veía tan pobre y sucio y sin tener nada que presentarte [...], y entonces volviste a hacer vibrar en los oídos de mi alma tu amorosa queja: Amice, ad quid veniste? Osculo filium hominis tradis? Y me diste luz y gracia para penetrarla y entenderla».